VSDC áp dụng các phương thức bù trừ và thanh toán dưới đây cho các giao dịch chứng khoán:
-    Đối với giao dịch trái phiếu doanh nghiệp: VSDC thực hiện thanh toán theo kết quả bù trừ đa phương với thời gian thanh toán là T+1.
-    Đối với giao dịch cổ phiếu, chứng chỉ quỹ, chứng quyền có bảo đảm: VSDC thực hiện thanh toán theo kết quả bù trừ đa phương với thời gian thanh toán T+2.
-    Đối với giao dịch trái phiếu Chính phủ: VSDC thực hiện thanh toán theo từng giao dịch. 
Sau khi giao dịch chứng khoán của khách hàng được khớp lệnh, HVS thực hiện đối chiếu kết quả khớp lệnh, xác nhận thanh toán bù trừ, thanh toán giao dịch chứng khoán; Thực hiện phân bổ tiền, chứng khoán về tài khoản giao dịch chứng khoán của khách hàng theo quy chế quy định về thanh toán giao dịch chứng khoán.